La configuración se realiza desde el menú de personalización del contenedor presionando el botón derecho del ratón sobre el nombre del contenedor (menú contextual). 
Propiedades del Contenedor
La ventana de edición de las propiedades de un Contenedor se accede desde la opción Propiedades del Menú Contextual del Contenedor o ante la acción de la opción de Agregar Contenedor donde aparece automáticamente.
Las propiedades de los contenedores que se pueden configurar son las siguientes:
- Título - Corresponde al nombre del contenedor. Si bien por defecto se utiliza el nombre de la vista con la cuál se creó el contenedor (al ser arrastrada la vista desde otro contenedor), éste puede resultar muy extenso al incluir la url correspondiente.
- Descripción - Corresponde al texto que se muestra como ayuda, al sobrevolar con el ratón el nombre del contenedor.
- Icono - Permite definir la ubicación del ícono que se desea asociar en la etiqueta del contenedor. Debe ser una imagen con extensión jpg o gif y se visualiza a la izquierda del Título.
- Organización - Modo de organización de las ventanas dentro del contenedor, es decir si es estándar o en columnas.
Organizando las Ventanas
La configuración se realiza desde el menú de personalización del contenedor presionando el botón derecho del ratón sobre el nombre del contenedor (menú contextual)
- Organización de la ventanas en Columnas o en forma Estándar. Más información en Organizando las Ventanas del Contenedor.
Reubicación de las Ventanas
Para reubicar las ventanas es necesario arrastrarlas a las áreas disponibles que aparecen marcadas como rectángulos negros en la siguiente figura. Las áreas disponibles se encuentran siempre en los límites de las ventanas y se visualizan al mover el ratón arrastrando las ventanas sobre dichas posiciones.
En el modo de trabajo del contenedor en "Columnas" se puede crear un nuevo contenedor o trasladar una ventana a otro contenedor (Ver "Agregando un Contenedor al Escritorio").
Los posibles movimientos de ventanas que se encuentran en un contenedor con organización en "Columnas" se detallan a continuación:
- Mover una ventana dentro de una misma columna: Para mover una ventana dentro de una misma columna se debe arrastrar la ventana hacia arriba o hacia abajo hasta un área de reubicación de pila que se encuentre dentro de la misma columna. Para mover una ventana dentro de una misma columna debe haber en la pila por lo menos dos ventanas.
- Mover la ventana a otra columna: Para mover la ventana a otra columna debemos arrastrarla hasta un área de reubicación de pila de la columna destino.
- Crear una nueva columna: Se debe arrastrar la ventana a un área de reubicación de columna.
Borrando una Ventana del Contenedor
Se puede eliminar una ventana del contenedor de dos maneras:
- Moviendo la ventana a otro contenedor (Ver "Agregando un Contenedor al Escritorio").
- Cerrando la ventana.
Cerrar todos los Contenedores
Desde le Menú Ventana y eligiendo Cerrar todos los Contenedores, se cierran los mismos quedando un único Contenedor con la etiqueta de O3 Browser. 